1957 in der Wüste Nevadas, der Kalte Krieg ist in vollem Gange und Indiana Jones den Russen in die Hände gefallen. Indy gelingt die Flucht, doch die Russen – unter der Führung von Irina Spalko, Stalins Lieblingsagentin und ihres Zeichens Parapsychologin, - entwenden ein mysteriöses Skelett, das offenbar in Verbindung mit dem Verschwinden von Indys altem Freund und Kollegen Harold Oxleys steht, der in Peru verschollen ist. Gemeinsam mit Oxleys Ziehsohn Mutt macht sich Indy im Dschungel des Amazonas auf die Suche nach dem legendären Kristallschädel, dem magische Kräfte nachgesagt werden und der Oxley offenbar in den Wahnsinn getrieben hat. Eine Schatzsuche auf Leben und Tod beginnt.
Wir schreiben das Jahr 1938: Doktor Jones wird vom Mäzen eines Museums beauftragt, den Heiligen Gral und somit die wichtigste Reliquie der Christenheit zu finden. Jones' Einwand, es würde der falsche Jones gefragt werden, denn der eigentliche Experte sei sein Vater Henry, fördert nur die Erkenntnis zu Tage, dass Jones senior bereits die Spur aufgenommen hatte, mittlerweile aber verschwunden ist. Nun ist des Doktors Jagdinstinkt geweckt. Besorgt um das Wohlergehen des Vaters und mit dem Museumskurator Marcus Brody im Gepäck tritt Jones eine Reise in die alte Welt an, um das zustande zu bringen, was die mittelalterlichen Kreuzzüge nicht geschafft hatten: den Kelch zu finden, der beim letzten Abendmahl gereicht worden war und das Blut Jesu am Kreuz aufgefangen hatte. Erwartungsgemäß ist aber nicht nur der Doktor auf der Suche - auch die Schergen Hitlers wollen sich die Sagen umwobenen Kräfte des Kelches sichern, verheißt er doch das ewige Leben…
Indiana Jones kehrt zurück! Nachdem er bei der Erringung eines Diamanten in einem Nachtclub in Shanghai beinahe vergiftet, erdolcht und erschossen wurde, flieht er mit einer halbhysterischen Clubsängerin und seinem jungen asiatischen Freund Short Round mit einem Flugzeug. Doch über Indien wird auch hier ein Mordversuch gegen sie ausgeführt und alle drei müssen abspringen. Sie gelangen in ein Dorf, aus dem heilige Steine und sämtliche Kinder entführt wurden. Die Spur führt zu einem Fürstenpalast im Dschungel, wo sie einem machtgierigen Jungfürsten auf die Spur kommen, der die Kinder in den Minen arbeiten läßt. Doch hinter ihm steht ein noch machtvollerer Sektenführer...
Der Archäologe Dr.Henry Jones wird, nachdem er von seinem französischen Kollegen Belloq nach einer Bergung aus einem Aztekengrab hereingelegt wurde, von Regierungsagenten auf die Bundeslade angesetzt, das Behältnis in dem Moses' Gesetzestafeln aufbewahrt wurden.Laut Geheiminformationen suchen die Nazis nach der Lade, da sie den Besitzer unbesiegbar machen soll. Jones, genannt Indiana Jones, reist daraufhin nach Nepal, wo er einen alten Kollegen aufspüren will, jedoch nur dessen Tochter findet, die sich an ihn ranhängt. Ein altes Schmuckstück führt sie nach Ägypten, wo die Nazis mit Belloqs Hilfe bereits Ausgrabungen vornehmen. So kommt es zum Wettlauf um die Auffindung der Quelle der Seelen, wo die Lade stehen soll. Doch auch nachdem die Lade aus der schlangenverseuchten Quelle geborgen ist, ist das Spiel noch lange nicht vorbei....